《Perl语言入门实战习题》
一、计算FASTA文件中每条序列的长度； 输入文件，FASTA格式：
注：如果输入文件在windows下产生，在Linux系统下操作时，宜先用dos2unix处理： 用法：dos2unix 输入文件 输出文件：
Perl代码： #!/usr/bin/perl -w use strict; unless (@ARGV==2) { # @ARGV 传给脚本的命令行参数列表 die\"Usage: perl $0 \\n\"; # 当命令行参数不是2的时候输出使用说明 } my ($infile,$outfile) = @ARGV; # 把命令行参数赋值给输入文件和输出文件 open IN,$infile || die\"error: can't open infile: $infile\"; # 打开输入文件句柄IN open OUT,\">$outfile\" || die$!; # 打开输出文件句柄OUT $/=\">\";; # 设置输入记录分隔符为”>”，并去除第一个”>” while ( my $seq = ){ # 把序列ID行和序列赋值给$seq my $id = $1 if($seq =~ /^(\\S+)/); # 获取序列ID chomp $seq; # 去掉末尾的”>” $seq =~ s/^.+?\\n//; # 删除第一行 $seq =~ s/\\s//g; # 删除序列中的空白字符 my $len = length($seq); # 计算序列长度 print OUT \"$id\$len\\n\"; # 输出结果到输出文件 } $/=\"\\n\"; # 把输入记录分隔符改为默认值 close IN; # 关闭输入文件句柄 close OUT; # 关闭输出文件句柄二、计算FASTA文件中每条序列的GC含量； 输入文件同上，输出文件：
Perl代码： #!/usr/bin/perl -w use strict; unless (@ARGV==2) {# @ARGV 传给脚本的命令行参数列表 die\"Usage: perl $0 \\n\";# 当命令行参数不是2的时候输出使用说明 } my ($infile,$outfile) = @ARGV;# 把命令行参数赋值给输入文件和输出文件 open IN,$infile || die\"error: can't open infile: $infile\";# 打开输入文件句柄IN open OUT,\">$outfile\" || die$!;# 打开输出文件句柄OUT $/=\">\";;# 设置输入记录分隔符为”>”，并去除第一个”>” while (){# $_=，把序列ID行和序列赋值给$_，$_= 可以省略不写 my $id = $1 if(/^(\\S+)/);# 获取序列ID chomp; # 去掉末尾的”>” s/^.+?\\n//;# 删除第一行 s/\\s//g; # 删除序列中的空白字符 my $GC = (tr/GC/GC/);#计算G或C碱基个数 my $AT = (tr/AT/AT/);#计算A或T碱基个数 my $len = $GC + $AT;# 计算序列非N长度 my $gc_cont = $len ? $GC / $len : 0; #计算GC含量，如果长度为0，GC含量算0 print OUT \"$id\$gc_cont\\n\"; # 输出结果到输出文件 } $/=\"\\n\";# 把输入记录分隔符改为默认值 close IN; # 关闭输入文件句柄 close OUT;# 关闭输出文件句柄三、求反相互补序列；
输入文件同上，输出文件也是FASTA格式 Perl代码： #!/usr/bin/perl -w use strict; unless (@ARGV==2) {# @ARGV 传给脚本的命令行参数列表 die\"Usage: perl $0 \\n\";# 当命令行参数不是2的时候输出使用说明 } my ($infile,$outfile) = @ARGV;# 把命令行参数赋值给输入文件和输出文件 open IN,$infile || die\"error: can't open infile: $infile\";# 打开输入文件句柄IN open OUT,\">$outfile\" || die$!;# 打开输出文件句柄OUT $/=\">\";;# 设置输入记录分隔符为”>”，并去除第一个”>” while (){# $_=，把序列ID行和序列赋值给$_，$_= 可以省略不写 my $id = $1 if(/^(\\S+)/);# 获取序列ID chomp; # 去掉末尾的”>” s/^.+?\\n//;# 删除第一行 s/\\s//g; # 删除序列中的空白字符 $_ = reverse $_; # 序列方向 tr/ATCG/TAGC/; # 序列互补 print OUT \">$id\\n\# 输出结果到输出文件 } $/=\"\\n\";# 把输入记录分隔符改为默认值 close IN; # 关闭输入文件句柄 close OUT;# 关闭输出文件句柄 四、列表信息整合；输入列表1：序列长度文件
输入文件2：序列测序覆盖深度文件
输出文件：把上述两个列表的信息整合成一个列表，并且最后一行给出汇总结果：
Perl代码 #!/usr/bin/perl -w use strict; (@ARGV==3) || die\"Usage: perl $0 \\n\"; # 当命令行参数不是3的时候输出使用说明 my ($infile1,$infile2,$outfile) = @ARGV; # 把命令行参数赋值给输入文件1、输入文件2和输出文件 my %id_len; # 定义一个哈希 open IN1,$infile1 || die$!; # 打开第一个文件句柄 while(){ my ($id,$len) = split /\\s+/,$_; # split函数用空白符号切割每一行的内容 $id_len{$id} = $len; # 哈希赋值：id => length } close IN1; # 关闭第一个文件句柄 open IN2,$infile2 || die$!; # 打开第2个文件句柄 open OUT,\">$outfile\" || die$!; # 打开输出文件句柄 my $tol_len = 0; # 定义总长度变量，并赋值为0 my $tol_depth = 0; # 定义总深度变量，并赋值为0 while (){ my ($id,$depth) = split; # split函数用空白符号切割每一行的内容 my $len = $id_len{$id}; # 序列长度 print OUT join(\"\\# 输出整合信息到输出文件 $tol_len += $len; # 长度累加 $tol_depth += $len * $depth; # 深度累加 } $tol_depth /= $tol_len; # 计算总体平均深度 print OUT \"Total\$tol_len\$tol_depth\\n\"; # 输出汇总结果到输出文件 close IN2; # 关闭第二个输入文件句柄 close OUT; # 关闭输出文件句柄五、串流程；
Perl在工作中常用于串流程，现有同事写了3个perl脚本分三步将输入文件，infile.txt处理成最终的final.result：
第1步：perl step1.pl infile.txt output1 第2步：perl step2.pl infile.txt output2
第3步：perl step3.pl output1 output2 final.result
为提高工作效率，现需要写一个脚本使用infile.txt 作为输入文件，直接得到final.result，中间产生的文件结果不保留。 #!/usr/bin/perl -w use strict; unless (@ARGV==2) {# @ARGV 传给脚本的命令行参数列表 die\"Usage: perl $0 \\n\";# 当命令行参数不是2的时候输出使用说明 } my ($infile,$outfile) = @ARGV;# 把命令行参数赋值给输入文件和输出文件 my $temp_file = “temp.$$”; # 临时文件，$$为进程号，这样可以保证文件名字的唯一性 system“perl step1.pl $infile $temp.1 perl step2.pl $infle $temp.2 perl step3.pl $temp.1 $temp.2 $outfile rm $temp.1 $temp.2” #使用system调用3个perl脚本进行处理