担保公司可以做存单质押。但是存单必须是担保公司有权处分的财产权利，担保公司需要与质权人依法订立质押合同，并依法办理出质登记或者交付存单的权利凭证。
【法律依据】
《民法典》第四百四十条
债务人或者第三人有权处分的下列权利可以出质：
（一）汇票、本票、支票；
（二）债券、存款单；
（三）仓单、提单；
（四）可以转让的基金份额、股权；
（五）可以转让的注册商标专用权、专利权、著作权等知识产权中的财产权；
（六）现有的以及将有的应收账款；
（七）法律、行规规定可以出质的其他财产权利。
第四百四十一条
以汇票、本票、支票、债券、存款单、仓单、提单出质的，质权自权利凭证交付质权人时设立；没有权利凭证的，质权自办理出质登记时设立。法律另有规定的，依照其规定。