个人所得税是在扣除员工五险一金扣款之后计算。还要扣除个人所得税专项附加扣除，指个人所得税法规定的子女教育、继续教育、大病医疗、住房贷款利息或者住房租金、赡养老人等6项专项附加扣除。其他补贴也加入进行一起计算。员工的补贴也是算入员工本月收入的一部分，应该纳入收入一起计算个人所得税。
一、个人所得税专项附加费如何扣除
个人所得税专项附加扣除方式：个人所得税法规定的子女教育、继续教育、大病医疗、住房贷款利息、住房租金和赡养老人等六项可在申报纳税时按规定标准予以税前扣除。综合所得，适用百分之三至百分之四十五的超额累进税率。
二、个人所得税本期专项扣除什么意思
个税抵扣是国家为了减轻我们的负担，在个人所得税上，推出6个专项附加扣除，分别是子女教育、继续教育、大病医疗、住房贷款利息、住房租金以及赡养老人。可以直接理解为减税福利，做好申报就能让你少交点税，多拿点工资。而这个专项附加扣除，规定是每年年底都要提交一次的。
三、【外籍个人所得税专项扣除】
外籍个人在中国境内工作超过183天，属于居民个人，按照税法规定相关规定，缴纳个人所得税。非居民个人符合条件转变为居民个人后，可以在年度汇算清缴时享受赡养老人的专项附加扣除。
2019年1月1日至2021年12月31日期间，外籍个人还可以选择继续享用免税优惠，但是选择这个就不能选择个人专项附加扣除，二者只能二选一。
自2022年1月1日起，外籍个人不能再选择补贴，应按规定享受专项附加扣除。
税改前，用人单位为外籍个人实报实销或以非现金方式支付的住房补贴、伙食补贴、洗衣费、搬迁费、出差补贴、探亲费，以及外籍个人发生的语言训练费、子女教育费等津补贴免予征收个人所得税。
税制改革后，新增的子女教育、住房租金、住房贷款利息等专项附加扣除与上述相关补贴性质类似。
为公平税负、规范税制、统一内外人员待遇，对上述外籍个人的补贴设置3年过渡期，即2019年1月1日至2021年12月31日期间，外籍个人符合居民个人条件的；
可以选择享受个人所得税专项附加扣除，也可以选择仍按照《财政部
国家税务总局关于个人所得税若干问题的通知》(财税字[1994]20号)。
【本文关联的相关法律依据】
《中华人民共和国个人所得税法》第二条，下列各项个人所得，应当缴纳个人所得税
(一)工资、薪金所得；
(二)劳务报酬所得；
(三)稿酬所得；
(四)特许权使用费所得；
(五)经营所得；
(六)利息、股息、红利所得；
(七)财产租赁所得；
(八)财产转让所得；
(九)偶然所得。
居民个人取得前款第一项至第四项所得(以下称综合所得)，按纳税年度合并计算个人所得税;非居民个人取得前款第一项至第四项所得，按月或者按次分项计算个人所得税。纳税人取得前款第五项至第九项所得，依照本法规定分别计算个人所得税。