一般及时作废是没有什么影响的，但是要是已经被购买方认证的，按照其规定是不允许作废的，作废的话是要承担相应的法律后果的。根据相关法规规定，一般纳税人在开具普通当月，发生销货退回、开票有误等情形，收到退回的联、抵扣联符合作废条件的，按作废处理；开具时发现有误的，可即时作废。作废普通须在防伪税控系统中将相应的数据电文按“作废”处理，在纸质普通、各联次上注明“作废”字样，全联次留存。
符合作废条件，是指同时具有以下情形：
1、收到退回的联、抵扣联时间未超过销售方开票当月；
2、销售方未抄税并且未记账；
3、购买方未认证或者认证结果为“纳税人识别号认证不符”、“专用代码、号码认证不符”。
作废的正常原因：
1、开具错误；
2、销货退回；
3、销售折让；
4、服务中止。
作废的非正常原因：
1、恶意隐瞒收入；
2、恶意串通，销售方违规作废，接票方虚列成本。销售方与接票方在有真实业务的前提下恶意串通，销售方将开具的部分违规作废（未收回联），接票方将联虚列成本，达到偷税目的；3涉嫌虚开等。部分违法企业从事虚开勾当，但为了避免出现税收风险疑点或者销售额、税负异常波动引起税务机关怀疑，将部分进行作废，以平销、微利达到虚开的目的。
违规作废承担的后果：
1、补缴税款；
2、加收滞纳金；
3、罚款；
4、严重者移交司法机关。
法律依据：
《国家税务总局关于认真做好专用发售、填开管理等有关问题的通知》
第四条在未收回专用抵扣联及联，或虽已收回专用抵扣联及联但购货方已将专用抵扣联报送税务机关认证的情况下，销货方一律不得作废已开具的专用。第二十条同时具有下列情形的，为本规定所称作废条件：
（一）收到退回的联、抵扣联时间未超过销售方开票当月；
（二）销售方未抄税并且未记账；
（三）购买方未认证或者认证结果为“纳税人识别号认证不符”、“专用代码、号码认证不符”。