新农合和医保有冲突，国家规定不得重复参加。农村户口如果在城市就业，新农合和医保是可以同时交的，但是不能重复报销，也就是说如果两者都交，也只能享受其中一个带来的福利。
其二者缴费主体的不同，职工医疗保险是指国家通过立法强制规定，用人单位和社会成员个人共同缴纳医疗保险费，建立医疗保险基金。农村医保则是由组织、引导、支持，农民自愿参加，个人、集体和多方筹资，以大病统筹为主的农民医疗互助共济制度。
职工医保和新农合有着很大的区别，特别是在报销比例和报销范围上，职工医保都比新农合优势要大，所以如果符合缴纳职工医保的条件，只交职工医保，无需再缴纳新农合。
新农合一般是交的多，报销的就多，且一年交一次，具体交多少根据各地的来定；而社保就不一样，除了有医疗保险外，还有养老保险、失业保险、工伤保险和住房公积金，且每个月都要交，具体交多少看你是单位代缴还是自己交，如果是自己交就多些，如果是单位交，就交的少些。新农合缴纳的费用一般只可当年使用，而社保需要每个月交，且必须缴满15年才可领取固定的养老金，缴满一年才可使用医疗保险和失业保险。
法律依据：
《中华人民共和国社会保险法》第二十条
国家建立和完善新型农村社会养老保险制度。
新型农村社会养老保险实行个人缴费、集体补助和补贴相结合。
《中华人民共和国社会保险法》第二十五条
国家建立和完善城镇居民基本医疗保险制度。
城镇居民基本医疗保险实行个人缴费和补贴相结合。
享受最低生活保障的人、丧失劳动能力的残疾人、低收入家庭六十周岁以上的老年人和未成年人等所需个人缴费部分，由给予补贴。
《中华人民共和国社会保险法》第二十六条
职工基本医疗保险、新型农村合作医疗和城镇居民基本医疗保险的待遇标准按照国家规定执行。