慢性病的办理流程为：
1、出具证明，患慢性病的参保人员需由指定医院主治医师以上医生出具疾病证明，并由医院医务科盖章。
2、提交医保申请。
3、医院受理申请并进行费用审核。
4、财务付款。
慢性病医保报销流程：
1、申请门诊慢性病种的患者持医保卡、身份证原件及复印件、两年内相关疾病《住院病历》复印件、一年内相关检查报告单(如化验、心电图、彩超、眼底造影、CT等)到承担门诊慢性病治疗服务的定点医疗机构填写《XX市城镇居民医保门诊慢性病种患者审核认定表》一式两份。
2、市居民医保中心将审核合格人员名单录入计算机系统，并连同《城镇居民医保门诊慢性病种患者审核认定表》、《城镇居民基本医疗保险门诊慢性病种证》送达定点医疗机构。
3、患者到定点医疗机构领取《城镇居民基本医疗保险门诊慢性病种证》，持医保卡及《城镇居民基本医疗保险门诊慢性病种证》到所选定的医疗机构门诊就医。
【法律依据】：
《中华人民共和国社会保险法》第二十九条
参保人员医疗费用中应当由基本医疗保险基金支付的部分，由社会保险经办机构与医疗机构、药品经营单位直接结算。
社会保险行政部门和卫生行政部门应当建立异地就医医疗费用结算制度，方便参保人员享受基本医疗保险待遇。