法律分析抵扣丢失的处理办法：1、使用专用抵扣联作记账凭证，其复印件留存备查；2、由开票方税局开具《丢失专用已报税证明单》，再由收票方主管税务机关审核同意。法律依据《中华人民共和国管理办法》第二十七条开具的单位和个人应当建立使用登记制度，设置登记簿，并定期向主管税务机关报告使用情况。《中华人民共和国管理办法》第二十九条开具的单位和个人应当按照税务机关的规定存放和保管，不得擅自损毁。已经开具的存根联和登记簿，应当保存5年。保存期满，报经税务机关查验后销毁。
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