对监狱在押罪犯与监狱工作人员(监狱、工人)或者狱外人员共同犯罪案件，涉案的在押罪犯由监狱立案侦查，涉案的监狱工作人员或者狱外人员由人民或者机关立案侦查，在侦查过程中，双方应当相互协作。侦查终结后，需要追究刑事责任的，由侦查机关分别向当地人民移送审查起诉。如果案件适宜合并起诉的，有关人民可以并案向人民提起公诉。
罪犯在监狱内犯罪，办理案件期间该罪犯原判刑期即将届满需要逮捕的，在侦查阶段由监狱在刑期届满前提请人民审查批准逮捕，在审查起诉阶段由人民决定逮捕，在审判阶段由人民决定逮捕;批准或者决定逮捕后，监狱将被逮捕人送监狱所在地看守所羁押。
罪犯在监狱内犯罪，假释期间被发现的，由审判新罪的人民撤销假释，并书面通知原裁定假释的人民和社区矫正机构。撤销假释的决定作出前，根据案件情况需要逮捕的，由人民或者人民批准或者决定逮捕，机关执行逮捕，并将被逮捕人送监狱所在地看守所羁押，同时通知社区矫正机构。
刑满释放后被发现，需要逮捕的，由监狱提请人民审查批准逮捕，机关执行逮捕后，将被逮捕人送监狱所在地看守所羁押。
在押罪犯脱逃后未实施其他犯罪的，由监狱立案侦查，机关抓获后通知原监狱押回，监狱所在地人民审查起诉。罪犯脱逃期间又实施其他犯罪，在捕回监狱前发现的，由新罪犯罪地机关侦查新罪，并通知监狱;监狱对脱逃罪侦查终结后移送管辖新罪的机关，由机关一并移送当地人民审查起诉，人民判决后，送当地监狱服刑，罪犯服刑的原监狱应当配合。
监狱办理罪犯在监狱内犯罪案件，需要相关刑事技术支持的，由监狱所在地机关提供协助。需要在监狱外采取侦查措施的，应当通报当地机关，当地机关应当协助实施。