法律分析：劳动合同丢失不影响申请仲裁，只不过在证明案件事实时会存在一定的问题，但是事实上的劳动关系是承认的。
法律依据：《中华人民共和国劳动合同法》 第十条 建立劳动关系，应当订立书面劳动合同。已建立劳动关系，未同时订立书面劳动合同的，应当自用工之日起一个月内订立书面劳动合同。用人单位与劳动者在用工前订立劳动合同的，劳动关系自用工之日起建立。
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