协议离婚的主管机关是民政部门。婚姻登记机关在城市的，是事处或者市辖区、不设区的市的民政部门。在农村的是乡、民族乡、镇的。根据《婚姻登记工作规范》第六条规定，具有办理婚姻登记职能的县级以上民政部门和乡（镇）应当按照本规范要求设置婚姻登记处。省级民政部门设置、变更或撤销婚姻登记处，应当形成文件并对外公布；市、县（市、区）民政部门、乡（镇）设置、变更或撤销婚姻登记处，应当形成文件，对外公布并逐级上报省级民政部门。省级民政部门应当相应调整婚姻登记信息系统使用相关权限。
法律依据:
《婚姻登记工作规范》第六条具有办理婚姻登记职能的县级以上民政部门和乡（镇）应当按照本规范要求设置婚姻登记处。省级民政部门设置、变更或撤销婚姻登记处，应当形成文件并对外公布；市、县（市、区）民政部门、乡（镇）设置、变更或撤销婚姻登记处，应当形成文件，对外公布并逐级上报省级民政部门。省级民政部门应当相应调整婚姻登记信息系统使用相关权限。