自然人电子税务局扣缴端增加企业的方法如下：
1、登录自然人电子税务局客户端；
2、选择税费申报模块；
3、在经营所得申报列表中选择适用的经营所得预缴申报表；
4、填入合伙企业经营所得收入、成本费用等信息后提交申报。
自然人电子税务局扣缴端的操作流程：
1、登录自然人电子税务局平台；
2、选择“扣缴客户端”功能模块；
3、在扣缴客户端页面，选择“增加企业”功能；
4、输入企业的相关信息，包括企业名称、税号等；
5、提交企业信息，等待系统审核；
6、审核通过后，企业将被添加到扣缴客户端中。
综上所述，企业可以通过登录自然人电子税务局客户端，选择税费申报模块，然后在经营所得申报列表中选择适用的经营所得预缴申报表，并填入相关信息后提交申报。
【法律依据】：
《中华人民共和国税收征收管理法》
第十五条
企业，企业在外地设立的分支机构和从事生产、经营的场所，个体工商户和从事生产、经营的事业单位（以下统称从事生产、经营的纳税人）自领取营业执照之日起三十日内，持有关证件，向税务机关申报办理税务登记。税务机关应当于收到申报的当日办理登记并发给税务登记证件。工商行政管理机关应当将办理登记注册、核发营业执照的情况，定期向税务机关通报。本条第一款规定以外的纳税人办理税务登记和扣缴义务人办理扣缴税款登记的范围和办法，由规定。