法律分析：地铁运行的负责部门是。
法律依据：《城市公共交通管理条例》 第七条 交通运输主管部门负责指导全国城市公共交通工作。有关部门根据各自职责负责城市公共交通的相关工作。
省、自治区交通运输主管部门负责指导本行政区域内城市公共交通工作。省、自治区有关部门根据各自职责负责本行政区域内城市公共交通的相关工作。