申请破产后的债务由破产公司所剩余的破产财产进行清偿，破产财产不足以满足清偿要求的，应当按比例分配。公司的破产财产是指在宣告破产和破产程序结束之前，通过破产者所有的破产来偿还的所有财产。破产财产的清偿顺序是破产费用、共益债务、债务人因不正当利益而产生的债务等。偿还债务有剩余由全体股东按照出资比例或公司章程规定分配。
一、共益债务由谁来还
共益债务应当由债务人的破产财产清偿，根据法律规定，债务人的破产财产应当在优先清偿了共益债务和破产费用之后，再根据法律规定的顺序进行清偿。共益债务是指在破产程序中为了全体债权人的共同利益而发生的各种债务，包括履行双务合同所产生的债务，债务人财产受无因管理所产生的债等。
二、在破产清算期间可不可以出租公司财产
破产财产是指宣告时机破产程序终结前，破产人所有的供破产清偿的全部财产，其着眼是财产的构成和来源。通常，这一概念都明确规定在法律中。鉴于破产主要是指债务人不能清偿到期债务时，对齐财产清算分配的一种特殊程序，各国法律规定的破产财产实体概念并不相同，按照破产法的规定，债务人宣告破产后，债务人财产才称为破产财产，原则上债务人财产时破产财产的基础，其外延要大于破产财产。
在破产程序中应当适用买卖不破租赁。因为，如果适用了该原则，租赁合同继续有效，会导致租赁债权的实现由于第一顺序的破产企业所欠职工工资和劳动保险费用及第二顺序的破产企业所欠税款，而且优于同为第三顺序的其他破产债权，甚至这一租赁债权将会得到完全或全额清偿，有悖于企业破产法的基本制度和分配原则，违法了公平公正的民法基本原则。
【本文关联的相关法律依据】
《中华人民共和国公司法》第三条：公司是企业法人，具有的法人财产，享有法人财产权。公司以其全部财产对其债务承担责任。有限责任公司股东以其认缴的出资额对公司承担责任；股份有限公司股东以其认缴的股份对公司承担责任。
《中华人民共和国破产法》的规定，已作为担保物的财产不属于破产财产。对其的处理按以下程序进行：
1. 对破产企业的担保财产进行单独登记，
2. 抵押权人将担保财产全部证明资料向清算组移交，
3. 抵押权人将其直接占有或管理的担保财产向清算组移交，
4. 抵押人向清算组出具解除抵押关系的书面证明，由清算组办理担保财产过户手续，
5. 清算组将担保财产交由拍卖行拍卖，
6. 清算组将担保财产拍卖款项单列，扣除费用后，交给抵押权人。