建立内部控制手册是企业保障财务数据安全和遵循法规的重要工具。在制定内部控制手册时，确保其中包含的商业机密得到妥善保护是至关重要的。以下是一些建议：
访问权限：确保只有有必要的员工才能访问内部控制手册，实施严格的权限控制，包括密码保护、双重验证等措施。
加密数据：采用加密技术对内部控制手册中的敏感信息进行加密，确保即使泄露也难以被他人获取。
定期审查和更新：定期审查内部控制手册，及时更新其中的内容，确保只有最新版本在使用，避免旧版本泄漏。
培训员工：对所有员工进行内部控制手册的保密培训，让他们意识到商业机密的重要性，建立保密意识。
网络安全：如果内部控制手册以电子形式存储，确保公司网络安全措施完善，防止黑客攻击和数据泄露。
物理安全：如果内部控制手册以纸质形式存在，要妥善保存在安全的地方，访问权限，并定期检查保密措施是否完好。
分级保密：根据信息的敏感程度对内部控制手册进行分类，分级保密，确保高度机密信息受到更严格的保护。
综上所述，企业可以通过访问权限、加密数据、定期审查和更新、员工培训、网络安全、物理安全和分级保密等措施来保护内部控制手册中的商业机密，确保公司的财务数据和商业机密安全不受侵犯。