在确保软件开发控制程序符合公司整体战略的过程中，管理者可以采取以下几种方法：
确定公司整体战略：首先要确保对公司的整体战略有清晰的理解，包括公司的使命、愿景、价值观以及长期目标。只有了解公司的整体战略，才能确保软件开发控制程序与之保持一致。
制定软件开发控制程序：根据公司的整体战略，制定相应的软件开发控制程序，明确程序的目标、范围、流程、责任等，确保程序能够支持公司的战略目标实现。
与公司战略对齐：在制定软件开发控制程序时，要确保程序的目标与公司整体战略保持一致，即软件开发控制程序应该有助于实现公司的长期目标，同时要考虑公司的核心竞争优势和市场定位。
定期评估和调整：定期对软件开发控制程序进行评估，检查其是否与公司整体战略保持一致，是否还符合公司的发展需求。如果有偏差或不适应的地方，及时调整和优化软件开发控制程序。
持续沟通与培训：与团队成员定期进行沟通，确保他们了解公司的整体战略，明白软件开发控制程序的重要性以及与公司战略的关联。同时，定期进行培训，提升团队成员的理解和执行能力。
案例分析：以某软件公司为例，该公司的整体战略是成为行业领先的技术创新者。为了确保软件开发控制程序符合公司战略，该公司制定了以技术创新为导向的软件开发流程，强调团队成员要不断学习和尝试新技术，保持对行业动态的敏感度。通过定期的战略会议和团队培训，确保软件开发控制程序与公司整体战略保持一致。
综上所述，管理者可以通过明确公司整体战略、制定软件开发控制程序、与公司战略对齐、定期评估调整以及持续沟通培训等方式，确保软件开发控制程序符合公司的整体战略。这些方法能够帮助管理者有效地引导团队，使软件开发工作更好地支持公司的战略目标实现。