对于三人合伙公司的知识产权保护，可以采取以下措施：
知识产权登记：确保合作公司的重要知识产权（如专利、商标、版权等）进行登记，以确保合法权益。
签订保密协议：合作伙伴之间可以签订保密协议，明确双方对知识产权的保密义务，防止信息泄露。
设立知识产权管理制度：建立公司内部的知识产权管理制度，明确知识产权的归属、使用和保护方式。
增加技术保护措施：对于关键技术或商业机密，可以采取加密、权限管理等技术手段进行保护。
加强员工培训：对员工进行知识产权保护意识的培训，提高员工对知识产权保护的重视程度。
案例：三人合伙开发了一款新型软件，为了保护软件的知识产权，他们进行了软件著作权登记，并签订了保密协议。同时，他们建立了严格的知识产权管理制度，对软件的源代码进行加密存储，并设置权限控制。此外，他们定期对员工进行知识产权保护培训，确保所有人都了解并遵守知识产权保护规定。
通过以上措施，三人合伙公司可以有效保护其知识产权，避免知识产权被侵犯或泄露，保障公司的创新成果和竞争优势。